孔徑光闌位于顯微鏡下聚光鏡的透鏡組之間，聚光鏡前焦點平面處。用撥桿或調節環控制，并在聚光鏡外殼上標有刻度。它能調整聚光鏡的數值孔徑相匹配與所用物鏡的數值孔徑相匹配。如影像的分辨率、反差、焦深和鏡像亮度處在zui佳狀態。如孔徑光闌開的過大，也會產生眩光，如影像景深小，反差降低，影響影像清晰度。因物鏡的數值孔徑與其分辨率成正比，故此會降低顯微照片的解像力。因此因入射光孔過小，會出現衍射現象，使顯微圖片的圖像失去真實性。
    調整孔徑光闌有以下三種方法：
    1）先將標本調準焦點后，從雙目鏡筒中抽出一個觀察目鏡，通過鏡筒直接觀察物鏡的后焦點平面。邊觀察邊縮小光圈，當孔徑光圈像的直徑相當于物鏡后焦點平面圓形圖像的2/3時為止。這種方法zui直觀，操作者可直接看到孔徑光闌的變化，以及與物鏡數值孔徑的比例關系。該法在操作上比較麻煩，更需小心謹慎，一旦失手很容易損壞目鏡。另外，經常抽出目鏡，會使灰塵落入鏡筒內。斜筒式顯微鏡灰塵會落在分光棱鏡上；直筒式顯微鏡，灰塵會直接落在物鏡后透鏡上。這些地方的灰塵都不易清潔。所以在顯微攝影中調整孔徑光圈，zui好不要使用這種方法；
    2）根據所用物鏡的數值孔徑，經計算后。將孔徑光闌撥桿定在聚光鏡數值孔徑標記的相應位置。這種方法簡單易行，容易掌握，特別適于初學者。與di一種方法相比，對于顯微鏡具有無傷害性安全操作，為此在顯微攝影時，我們推薦使用這種方法。
    3）有經驗的顯微攝影工作者，可以從調焦目鏡中觀察影像，邊調整孔徑光闌，當影像的反差、景深和清晰度處于zui佳狀態時為止。這種方法操作簡便，調節迅速，但是掌握這種方法并能達到準確無誤的程度，必須具備豐富的顯微攝影實踐經驗，否則容易步入誤區，認為孔徑光闌收縮的越小，影像越清晰。因尋找標本拍攝部位和選用適當的放大倍率，不同倍率的物鏡需要經常轉換使用。所以顯微攝影時每次拍攝前都要重新調整一次視場光闌和孔徑光闌，同時應對柯勒照明和光軸做一次檢驗。這是顯微攝影中zui重要的也是zui基本的要點。